柯南和小五郎等拉着大队，来到位于太平洋中的美丽小岛“神海岛”渡假。这座岛屿自古已有流传，大概有关沉没于海底的古代遗迹“海底宫殿”，及300年前两名女海盗遗留下来的宝藏传说。小兰和园子不惧流传，在“海底宫殿”附近潜水时，意外遇到一大群正在寻找宝物的猎人，不料其中一人突然遭鲨鱼攻击，不幸身亡！小兰和园子幸运逃难，柯南见那位猎人死状诡异，与灰原一起展开调查。 柯南认为猎人之死，跟宝藏传说有着莫大关系，他试图解开背后原因，“海底宫殿”的谜题一直系绕在他的脑海中。他找到了一组神秘名词“Jolly Roger(海盗旗)”后，满以为有所起色，猎人却突然现身，并偷走了原来发现的宝藏！小兰和园子落在猎人的魔掌之中，性命危在旦夕！隐藏于传说中的讯息是什么？“海底宫殿”有什么秘密？穿越300年时光的暗号，柯南誓要逐步解开迷题
演员：花江夏树 鬼头明里 下野纮 松冈祯丞 上田丽奈 冈本信彦 樱井孝宏 小西克幸 河西健吾 早见沙织 花泽香菜 铃村健一 关智一 杉田智和 宫野真守 石田彰 细谷佳正
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演员：矢岛晶子 楢桥美纪 藤原启治 兴梠里美 真柴摩利 乡里大辅 盐泽兼人 大泷进矢 山本百合子 真山亚子 中岛聪彦 岩永哲哉 山本圭子 筈见纯 岛津冴子 立木文彦 雪野五月 佐藤佑子 纳谷六朗 高田由美 富泽美智惠 林玉绪 一龙斋贞友 佐藤智惠 青森伸 臼井仪人
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