继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
演员：阿尔弗雷德·莫里纳 吉娜·戴维斯 阿尔法·伍达德 克拉克·彼得斯 丹尼斯·欧哈拉 比尔·普尔曼 吉娜·马隆 卡洛斯·米兰达 赛斯·南里奇 爱丽丝·克雷梅尔堡 拉斐尔·卡索 迪·沃伦斯 小艾德·博格里 埃里克·埃德尔斯坦 Mousa Hussein Kraish 贝丝·贝利 亚历克斯·奈特 南希·戴利 艾米莉亚·福彻 埃尔登·琼斯 哈耶斯·哈格罗夫 马克·瓦斯康塞洛斯 埃里克·帕特里克·哈珀
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演员：克莱尔·库珀 利亚姆·麦克马洪 朱莉·格雷厄姆 Adam Little 香侬·拉维尔 扎克·福特-威廉姆斯 Holly Sturton 凯茜·贝尔顿 欧文·沃尔 英格丽·克雷吉 Sarah Agha 塔欣·莫达克 米歇尔·多特里斯 Niall McNamee Edward Mitchell
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